Bakü Türk Anadolu Lisesi T.C. Milli Eğitim Bakanlığı ve Azerbaycan Cumhuriyeti Tahsil Nazırlığının 28 Şubat 1992 tarihinde imzalanan mutabakat zaptına göre 1993-1994 Eğitim Öğretim yılında açılmıştır.

Azerbaycan Cumhuriyeti Tahsil Nazırlığına bağlı 174 Nolu okulun 4. katında faaliyete başlayan okulumuz, 174 Nolu okul adı Azerbaycan Tahsil Nazırlığının 09.09.1999 tarih ve 689 sayılı emri ile Bakü Türk Anadolu Lisesi olarak değiştirilmiştir.

İlkokul kısmı Milli Eğitim Bakanlığı’nın 14.08.2000 tarih ve 5877 sayılı Makam onayıyla açılmıştır. Açıldığı tarih itibarı ile Bakü Türk Anadolu Lisesi bünyesinde ve sadece 1. sınıf olarak açılan ilkokul, 21.05.2004 tarihinde, bağlı bulunduğu Bakü Türk Anadolu Lisesinden yönetim boyutunda ayrılmış ve ayrı bir müdürlük olarak temsil edilmiştir.

2012-2013 eğitim öğretim yılı itibarı ile yeni eğitim sistemine göre (4+4) ilkokul ve ortaokul olarak ayrılmış fakat tek yönetim olarak faaliyetlerine devam etmiştir.

Ancak 2013-2014 Eğitim-Öğretim yılında İlkokul ve Ortaokul da birbirinden ayrılmış ve ayrı müdürlükler olarak temsil edilmeye başlanmıştır.

      2017-2018 Eğitim Öğretim yılında ise üç okul koordinatör müdürlük çatısı altında birleştirilerek merkezi bir yönetim oluşturulmuştur.